Het (betalend) EMMOSS-model kan de emissies veroorzaakt door binnenvaart en zeevaart bepalen, zowel voor personenvervoer als goederenvervoer voor het Vlaams grondgebied. Het model rekent op basis van het aantal afgelegde tonkilometer door binnenvaartschepen per vaarweg. Andere parameters in het model zijn: het percentage vaartuigkilometer leegvaart per waterweg, zwavelpercentage in de brandstof, leeftijdsverdeling van de scheepstypes, snelheid van de schepen en afstand (traject) van de vaarweg. Er gebeurt een opsplitsing in liggen, manoevreren en varen. Er moet gebruik gemaakt worden van een TIER 3 benadering ipv TIER 1 uit het EMEP Guidebook.
Voor zeevaart worden emissies berekend in Vlaamse havens, op de Schelde in de haven van Antwerpen en op zee binnen de 12-mijlszone. Onder zeescheepvaart zit vervat: koopvaardij, militaire schepen, zeevisserij, sleepboten, baggeractiviteiten en zandwinning op zee en in de haven.
Voor de dispersieberekeningen van scheepvaart is er in Vlaanderen geen gratis model beschikbaar. Voor dispersiemodellering van scheepvaart is Pluim Vaarweg aangewezen als (betalend) model. Het is een gedetailleerd en betrouwbaar model, het houdt rekening met diverse scheeptypes, schouwhoogte, warmte-inhoud van de pluim,…
De gebruikte invoergegevens moeten in bijlage bij het MER gevoegd worden.