Na de opmaak en het openbaar maken van de scopingnota vervolgt het planteam het geïntegreerd planningsproces. Hierbij wordt het plan verder uitgewerkt samen met de effectbeoordelingen en eventuele andere onderzoeken die relevant worden geacht. Alternatieven worden onderzocht naar hun ruimtelijke en andere effecten en naar de doelstellingen van het plan. Eventueel kunnen bepaalde alternatieven verlaten worden op basis van de beoordelingen of kunnen nieuwe varianten worden toegevoegd (altijd onderbouwd met effectbeoordelingen). Het volledige planteam is hierbij betrokken en indien nodig kunnen zelfs nieuwe instanties opgenomen worden in het proces.
Gedurende dit iteratieve planningsproces kan het planteam zowel de scopingnota als de procesnota wijzigen. De nieuwe versies van deze nota’s zijn openbaar raadpleegbaar.
In bepaalde planningsprocessen is het mogelijk dat de scope van het plan in de loop van het proces substantieel wijzigt (bijvoorbeeld nieuwe alternatieven die voorgesteld worden, een uitbreiding van het geografische RUP-gebied,…). In dat geval moet nagegaan worden of er een (nieuwe) raadpleging georganiseerd moet worden.
In het ontwerp van decreet is de plenaire vergadering niet meer verplicht maar wel facultatief, dit om flexibiliteitsredenen en om tegemoet te komen aan een efficiënt planningsproces voor elke soort van RUP. Een plenaire vergadering dient om het ontwerpplan waarbij de resultaten van de uitgevoerde effectbeoordelingen mee zijn opgenomen te bespreken met de adviesinstanties. Voor RUP’s waar geen knelpunten aanwezig zijn, heeft een formele plenaire vergadering in principe geen meerwaarde. Daartegenover zijn er planningsprocessen waarbij door omstandigheden meerdere plenaire vergaderingen noodzakelijk zijn vooraleer overeenstemming kan bekomen worden bij alle betrokken actoren. Dit wordt beslist door de Vlaamse Regering (bij gewestelijke RUP's, de deputatie (bij provinciale RUP’s) of het college van burgemeester en schepenen (bij gemeentelijke RUP’s).
In het geval geen plenaire vergadering wordt georganiseerd, krijgen de betrokken adviesinstanties tijdens het planningsproces wel formeel de mogelijkheid om hun advies schriftelijk uit te brengen, vooraleer over de voorlopige vaststelling wordt beslist. Bijlage 1 van het uitvoeringsbesluit bepaalt welke adviesinstanties formeel betrokken moeten worden. Het planteam kan nog andere adviesinstanties opnemen indien dit relevant wordt geacht.