Het belangrijkste onderdeel van een MER, een ontheffings- of screeningsnota is het hoofdstuk dat de conclusies van het gevoerde milieueffectenonderzoek bevat. In een MER worden die conclusies dikwijls in het hoofdstuk 'integratie en eindsynthese' ondergebracht. Dit hoofdstuk bevat een globale evaluatie van het onderzoek naar de milieueffecten van het voorgenomen plan, programma of project en de, in voorkomend geval, onderzochte alternatieven. Zoals in elke rapportage zijn de conclusies meestal het eerste en meest gelezen hoofdstuk. Belangrijk is dus dat het besluit helder, eenduidig en overzichtelijk is en dat alle nodige maatregelen en resterende knelpunten in beeld komen zodat de vergunningverlener of de beslissingnemende overheid de juiste informatie ter beschikking heeft om het aspect milieu een volwaardige plaats te kunnen geven bij zijn verdere beslissing.
Het DABM stelt immers dat milieueffectrapportage moet doorwerken in de besluitvorming, met andere woorden: de overheid moet bij haar uiteindelijke beslissing over de voorgenomen actie, en in voorkomend geval ook bij de uitwerking ervan, rekening houden met het goedgekeurde MER, de ontheffingsnota of de screeningsnota en met de opmerkingen en commentaren die daarover werden uitgebracht. De beslissingnemende of goedkeurende overheid moet immers elke beslissing over de voorgenomen actie motiveren, in het bijzonder met betrekking tot de keuze voor de voorgenomen actie, een bepaald alternatief of bepaalde deelalternatieven, de aanvaardbaarheid van de te verwachten of mogelijke gevolgen voor mens of milieu van het gekozen alternatief en de in het rapport voorgestelde maatregelen. Omdat de output van een milieueffectrapportage vaak bestaat uit lijvige en vrij technische documenten zijn duidelijke conclusies absoluut noodzakelijk. De eindsynthese dient in die optiek zeker ook de nodige leesbaarheid van het MER, de ontheffingsnota of de screeningsnota te verhogen. Zie ook deel Vormvereisten voor m.e.r.-documenten.
De conclusies van een m.e.r. bevatten een integratie en eindsynthese van de te verwachten milieueffecten, zowel negatieve als positieve, en een duidelijk overzicht van de verschillende milderende maatregelen per behandelde discipline. Ze geven waar nodig aan via welke instrumenten deze milderende maatregelen vertaald en uitgewerkt kunnen worden in het verdere procesverloop en wie hiervoor kan instaan. De conclusies bevatten daarnaast een duidelijke discipline-overschrijdende eindconclusie over de milieu-impact van het onderzochte plan of project en een beschrijving van de gevolgen van eventuele leemten in de kennis, van de met elkaar vergeleken alternatieven en van de nodige milderende maatregelen. De eindconclusies zullen desgevallend expliciet ingaan op resterende knelpunten, dit zijn aanzienlijke negatieve milieueffecten die niet te milderen zijn.
Zoals aangegeven in het deel 'Rol van de verschillende actoren' is het schrijven van de eindconclusie een van de belangrijkste taken van de MER-coördinator. Hiervoor is ervaring met interdisciplinair inzicht en integrerend denkvermogen noodzakelijk. Waar de MER-deskundigen verantwoordelijk zijn voor de inhoudelijke invulling van hun discipline, moet de MER-coördinator in de conclusies de belangrijkste milieueffecten en de verschillen tussen alternatieven in beeld brengen. Na overleg met de deskundigen, de initiatiefnemer en eventueel het Team Mer en de adviesinstanties, moet hij ook knopen doorhakken met betrekking tot het oplossen van eventuele knelpunten inzake milderende maatregelen. Dit kan voorkomen wanneer maatregelen voorgesteld in de ene discipline aanleiding geven tot nieuwe of versterkte effecten in de andere discipline, of wanneer bepaalde maatregelen niet (kunnen) aanvaard worden door de initiatiefnemer (zie ook deel 'Milderende maatregelen' en de handleiding "milderende maatregelen" op de website van het Team Mer). Specifiek voor RUP's spreekt het voor zich dat de door de deskundigen voorgestelde maatregelen ook met het planteam besproken worden en dat er met de initiatiefnemer, adviesinstanties, deskundigen en coördinator toegewerkt wordt naar een haalbare set van maatregelen.
Als de initiatiefnemer de voorgestelde maatregelen niet kan of wenst uit te voeren worden de redenen best ook expliciet opgenomen in het hoofdstuk 'Integratie en eindsynthese'. Deze redenen kunnen technisch zijn (bv. geen beschikbare technologie), veiligheidskundig (bv. planten van bomen op dijken), economisch (bv. te duur), timing gebonden (bv. uitstel van bepaalde activiteiten tot na broedseizoen) en juridisch/administratief (bv. vrijheid van de aannemer, onteigeningsprocedure).
Indien de aanvaardbaarheid van een plan of project of alternatief afhangt van de uitvoering van milderende maatregelen, dan is het uiterst belangrijk dat de milderende maatregelen die daar toe leiden concreet beschreven zijn. Dus in het geval bijvoorbeeld het niet verstoren van het broedseizoen een maatregel is die de uitvoering van een project aanvaardbaar of niet aanvaardbaar maakt dan dient concreet aangegeven te worden om welke gevoelige soorten het gaat en wat de precieze te vermijden soortspecifieke uitvoeringsperiode is. In de handleiding 'Milderende maatregelen', beschikbaar op de website van het Team Mer, wordt in extenso en aan de hand van voorbeelden aangegeven hoe milderende maatregelen concreet (smart) geformuleerd kunnen worden.
Hoe het hoofdstuk 'integratie en eindsynthese' of het besluit van een m.e.r. er vormelijk en structureel moet uitzien wordt aan de coördinator overgelaten, vermits dit steeds afhankelijk is van de complexiteit van de milieueffectrapportage en dus meestal maatwerk is. Gezien het hoofdstuk echter ook dikwijls gelezen wordt door leken (minder vertrouwd met de geëigende m.e.r.-methodieken en terminologie) is het zeker aangewezen om in geval van een MER de 'scoretabellen' die de beoordeling van de effecten (voor en na mildering) bevatten, in de disciplinehoofdstukken onder te brengen en niet opnieuw integraal in het hoofdstuk 'integratie en eindsynthese' op te nemen. De scoretabellen dienen immers steeds in samenhang met het gehanteerde beoordelings-en significantiekader gelezen te worden en horen dus thuis in de disciplinehoofdstukken. Het herhalen van die scoretabellen in het besluit, zeker in het geval het om een MER gaat waarin veel alternatieven beoordeeld worden, levert dikwijls ellenlange tabellen op die aanleiding kunnen geven tot het aanvechten van de scores of eigen interpretaties door personen of instanties die niet of minder vertrouwd zijn met het instrument en de methodes van milieueffectrapportage (zoals het foutieve 'optellen van scores over alle disciplines heen' om alternatieven te vergelijken).
Het is aan de coördinator om ordening in de eindbespreking aan te brengen zodat duidelijk wordt wat de belangrijkste milieueffecten zijn van het plan of project, welke een knelpunt vormen en welke slechts een marginale betekenis hebben. Waar relevant dient in het besluit bijvoorbeeld gepaste aandacht (belang) besteed te worden aan de effecten veroorzaakt door de eerder (tijdelijke) aanlegfase versus de meer permanente effecten ten gevolge van de exploitatie- of gebruiksfase of aan specifiek onderscheidende effecten tussen alternatieven. De disciplines waarvoor geen noemenswaardige effecten voorspeld worden, zullen slechts in de eindsynthese voorkomen met de vermelding dat ze in het kader van het plan of project geen of verwaarloosbare effecten hebben. Ook het clusteren van bepaalde disciplines (bv. abiotische disciplines (water, bodem, lucht, geluid, …) en receptordisciplines (mens, landschap, fauna/flora), mobiliteitsgebonden (mobiliteit, lucht, geluid, gezondheid) en de overige disciplines, leefbaarheidsdisciplines en ruimtelijke disciplines, … ) kan soms aangewezen zijn om de synthese te structureren.
Het is de taak van de coördinator om op basis van een neutrale, genuanceerde tekstuele beschrijving een eindoordeel over de milieuhaalbaarheid van het plan of project en zijn alternatieven neer te schrijven. Samenvattende tabellen of grafieken om de redenering en de eventuele rangschikking van de alternatieven te verhelderen zijn uiteraard aanbevolen.
Om meerdere alternatieven op basis van hun effecten overzichtelijk te kunnen vergelijken is het soms aangewezen een specifieke afwegings- of vergelijkingsmethode toe te passen. Gekende en veel toegepaste vergelijkingsmethoden zijn (al dan niet bewerkte) overzichtstabellen, grafische presentaties en argumentatieve beoordeling. Daarnaast kan multicriteria-analyse (MCA) als een vergelijkings-methode ingezet worden wanneer veel alternatieven volgens veel verschillende beoordelingscriteria moeten vergeleken worden. Hierbij wordt door middel van gewichtentoekenning aan kwantitatieve en kwalitatieve beoordelingscriteria en toepassing van specifieke rekenregels tot een overzichtelijke rangschikking van alternatieven gekomen. De praktijkervaring leert echter dat deze methode, indien ze niet voldoende toegankelijk (navolgbaar), eenvoudig en expliciet gemotiveerd opgezet wordt eerder contraproductief werkt (black box gevoel) en niet steeds leidt tot een beter aanvaarde conclusie (rangschikking van de alternatieven). Vooral de wijze waarop de gewichten aan de verschillende factoren worden toegekend is vaak voor discussie vatbaar. Om die redenen wordt aanbevolen om MCA in het kader van een MER te vermijden en gebruik te maken van de andere genoemde, meer eenvoudige vergelijkingsmethodes. De basis voor alle vergelijkingsmethoden en dus een essentieel onderdeel van een MER, is sowieso het effectenoverzicht (te vinden in de disciplinehoofdstukken), waarin alle informatie is opgenomen en dat als invoer dient voor de vergelijkingen. Als de problematiek niet ingewikkeld is, kan zelfs worden volstaan met een effectenoverzicht en hoeft geen specifieke vergelijkingsmethode te worden toegepast.
Zoals in het deel 'Alternatieven' wordt toegelicht mag maar hoeft de eindsynthese geen uitspraak te doen met betrekking tot het meest milieuvriendelijke alternatief (MMA). De conclusies moeten wel duidelijk alle informatie bevatten die de bevoegde overheid of initiatiefnemer in staat stelt een onderbouwde beslissing te nemen in verband met de alternatieven. De milieueffectrapportage doet ook uitdrukkelijk geen afweging met betrekking tot het voorkeursalternatief omdat die afweging ook gebaseerd is op criteria die in de milieueffectrapportage niet aan bod komen (financiële overwegingen, politieke beslissingen, maatschappelijk draagvlak, …). Meer informatie over omgaan met alternatieven is te vinden in het deel 'Alternatieven' en in de handleiding 'Alternatieven in m.e.r.' op de website van het Team Mer.
Het besluit van een project-m.e.r.-screening, een plan-m.e.r.-screening of een project-ontheffingsnota zal een globale uitspraak moeten bevatten over het al dan niet aanzienlijk zijn van de effecten. Het besluit van een MER zal eerder aangeven hoe groot de effecten zijn en desgevallend hoe de aanzienlijke milieueffecten tot een aanvaardbaar niveau kunnen teruggebracht worden door de gepaste milderende maatregelen te nemen.
Als er een passende beoordeling gemaakt werd, wordt best ook het besluit van de passende beoordeling in de eindsynthese van de milieueffectrapportage opgenomen.
Met betrekking tot integratie en eindsynthese in m.e.r. kunnen volgende tips en aandachtspunten vermeld worden: