Een MER moet op een correcte wijze de besluitvorming voorbereiden en moet het vertrouwen genieten van de verschillende stakeholders en het grote publiek. Daarom is een rigoureuze kwaliteitsborging bij de opmaak van een MER van groot belang. Dit onderdeel handelt in hoofdzaak over de kwaliteitsborging van het MER, zijnde het milieueffectrapport. Bepaalde elementen kunnen wel van toepassing zijn op ontheffings- of screeningsnota's. Kwaliteitsborging van het m.e.r.-proces is een veel complexere materie, die de doelstellingen van dit richtlijnensysteem te boven gaat.
Kwaliteit van een MER heeft veel verschillende aspecten: volledigheid, wetenschappelijke juistheid, relevantie voor de besluitvorming, leesbaarheid, … Als hier over kwaliteit gesproken wordt, wordt hiermee de integratie van deze verschillende aspecten bedoeld.
De kwaliteit van een MER wordt in Vlaanderen op verschillende wijzen en op verschillende niveaus gewaarborgd:
- door een systeem van erkenningen voor deskundigen en MER-coördinatoren, geregeld door het Vlaams reglement inzake erkenningen met betrekking tot het leefmilieu (VLAREL).
- door de actieve openbaarheid tijdens de fase van de : Het startdocument kan geraadpleegd worden door de burger. Burgers kunnen via inspraakreacties opmerkingen geven op onder meer het voorgestelde voorwerp en de draagwijdte van het MER en op de voorgestelde onderzoeksmethodes. In deze fase worden ook een aantal adviesverlenende overheidsinstanties geconsulteerd; ook zij kunnen reageren op het startdocument en dus op de manier waarop het MER zal worden aangepakt. Als deze opmerkingen niet worden overgenomen in de richtlijnen (zie volgende punt) dan hoeven de deskundigen niet in alle gevallen rekening houden met deze opmerkingen en commentaren; het dwingt hen echter wel minstens na te denken over de aangehaalde aandachtspunten en, bij de uitwerking van het MER, hun aannames en werkwijzen duidelijk te verwoorden en te zorgen voor een kwaliteit die de toets van de kritiek kan doorstaan. Tijdens het openbaar onderzoek over het RUP/plan/programma of het openbaar onderzoek tijdens de omgevingsvergunningsprocedure kan eveneens gereageerd worden op de inhoud van het ontwerp-MER;
- door het opstellen door het Team Mer van richtlijnen voor het MER, waarin specifieke eisen met betrekking tot inhoud en aanpak van het MER worden samengebracht;
- door een systeem van interne kwaliteitsborging dat door de meeste studiebureaus wordt gehanteerd. Dit systeem, waarvoor de verantwoordelijkheid bij de MER-coördinator ligt, houdt onder meer in dat alle teksten worden nagelezen op vorm en inhoud en dat de coherentie van de teksten wordt bewaakt, en dat de rekenresultaten van modellen worden getoetst door deskundigen die niet zelf rechtstreeks bij het MER betrokken zijn;
- door de opvolging van het m.e.r.-proces door het Team Mer en, in veel gevallen, een aantal adviesverlenende instanties;
- door de gewoonte om voorafgaand aan de formele indiening van het MER bij het Team Mer, een ontwerptekst in te dienen, voor te leggen aan het Team Mer en de adviesverlenende instanties, en de opmerkingen van deze instanties te bespreken op een ontwerptekst-vergadering;
- door het proces van of kwaliteitsbeoordeling van het MER door het Team Mer, die het MER toetst aan de bepalingen van de richtlijnen en aan algemene kwaliteitseisen, en haar bevindingen in dat verband vastlegt in een goedkeurings- dan wel een afkeuringsverslag of in een kwaliteitsbeoordeling. Het Team Mer kan bij deze kwaliteitsbeoordeling beroep doen op de kennis en inzichten van adviesverlenende instanties van de Vlaamse Overheid;
- door het bestaan van door het Team Mer gepubliceerde richtlijnenboeken en -systemen (voor specifieke disciplines en activiteitengroepen) en handleidingen, die als specifiek doel hebben de opmaak van kwaliteitsvolle MER's te ondersteunen, en met dat doel ook regelmatig worden geactualiseerd.
Zoals uit bovenstaande blijkt bestaan er voor project- en plan-MER's tal van kwaliteitsborgende mechanismen, procedures en gewoonten. Voor MER-ontheffingen en screenings is dit minder het geval: zo ontbreekt de verplichting om met erkende deskundigen te werken en bestaat er ook geen systeem van actieve openbaarheid. De kwaliteitsborging moet bij deze instrumenten dus in de eerste plaats komen van de bevoegde instanties (Team Mer en adviesverlenende instanties voor de ontheffingen en plan-m.e.r.-screenings, vergunningverlenende instanties voor de project-m.e.r. screenings) en van de interne kwaliteitscontrole bij de opstellers van ontheffings- en screeningsnota's.
Er kan nog vermeld worden dat met betrekking tot project-MER's artikel 5.3 van Richtlijn 2011/92/EU (zoals gewijzigd door Richtlijn 2014/52/EU) stelt:
"Om de volledigheid en kwaliteit van het milieueffectbeoordelingsrapport te waarborgen, dient:
- de opdrachtgever te waarborgen dat het milieueffectbeoordelingsrapport wordt opgesteld door bekwame deskundigen;
- de bevoegde instantie te waarborgen dat zij beschikt over, of indien nodig toegang heeft tot, voldoende expertise om het milieueffectbeoordelingsrapport te onderzoeken, en
- de bevoegde instantie indien nodig de opdrachtgever om aanvullende informatie te verzoeken (…) die rechtstreeks ter zake doend is om te komen tot de gemotiveerde conclusie inzake de aanzienlijke milieueffecten van het project."