In het geval dat er speciale beschermingszones (SBZ's) binnen het studiegebied van het plan/project voorkomen en het plan/project, afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten betekenisvolle aantasting kan veroorzaken van de natuurlijke kenmerken van een speciale beschermingszone, dient aan de hand van een zogenoemde passende beoordeling duidelijk en concreet te worden aangegeven wat het effect is op de Europees beschermde Natura 2000-waarden (volgens de Vogel- en Habitatrichtlijn).
De passende beoordeling moet geïntegreerd worden in het MER en kan geïntegreerd worden in de ontheffingsnota, maar dient als duidelijk te onderscheiden onderdeel (in het kader van de discipline Biodiversiteit) opgenomen te worden. Het detailniveau van de passende beoordeling moet passen bij het detailniveau van het plan of project.

In de discipline Biodiversiteit van een MER worden de effecten van het plan of project op de natuur beschreven en beoordeeld. In de algemene delen van de discipline Biodiversiteit wordt vooral de focus gelegd op lokale, regionale en nationale natuurwaarden (bv. biologisch waardevolle gebieden, natuurreservaten, VEN- en IVON-gebieden, Rode Lijstsoorten, …). In de passende beoordeling wordt specifiek de focus gelegd op de Europees beschermde Natura-2000 waarden (habitats en soorten) in relatie tot de SBZ's waarin ze voorkomen.
Als het mogelijk is dat een project of plan significante gevolgen heeft voor de instandhoudingsdoelstellingen van een SBZ of de instandhouding van de Europees beschermde soorten wordt in het kader van de m.e.r. een passende beoordeling opgemaakt waarin de volgende vragen aan bod komen:

• Welke (potentiële) habitats en soorten komen voor binnen het studiegebied?
• Wat is de actuele staat van instandhouding van die soorten en habitats (zowel voor de actuele habitats als voor de zoekzone waarin de doelen gelokaliseerd kunnen worden): is er een gunstige of ongunstige staat van instandhouding?
• Welke is de trend voor die habitats en soorten ten opzichte van de aanwijzing?
• Welke instandhoudingsdoelstellingen (oppervlakte- en kwaliteitsdoelen) zijn geformuleerd voor de (potentiële) soorten/habitattypen in het Natura 2000-gebied?
• Welke is de doelafstand tussen de actuele toestand en het doel, rekening houdend met de trend?
• Welk effect heeft het project/plan op de actuele toestand en de doelen voor die soorten en habitats?
• Zijn er andere activiteiten of plannen die gevolgen hebben voor die soorten en habitats? (cumulatie)
• Is dit effect 'significant' negatief (in het licht van de doelstellingen en de actuele staat van instandhouding)? Ofwel: is er sprake van een betekenisvolle aantasting van de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied? Dit is in zekere mate een kwestie van 'expert judgement'.

De inschatting van de actuele staat van instandhouding kan op drie niveaus gebeuren:

• Op het individuele niveau van de habitatvlek (lokale staat van instandhouding)
• Op SBZ of deelgebiedsniveau (beschermingsstatus uitgedrukt in de mate van 'instandhouding op SBZ niveau')
• Op Vlaams niveau of op Atlantisch biogeografisch niveau: regionale SVI

Voor de bepaling van de actuele staat van instandhouding dient een beschrijving gegeven te worden van de lokale staat van instandhouding. Informatie over de lokale staat van instandhouding is te vinden in bijlage 2 van de betreffende S-IHD rapporten. Dit omvat een beoordeling op deelgebiedsniveau voor elk habitat in de SBZ. In de passende beoordeling wordt minstens gewerkt met de beoordeling op deelgebiedniveau.
De zoekzone wordt bepaald via een algoritme op de potentiekaart voor het specifieke habitat en kan worden verkleind via het managementplan.
Naar vorm is de passende beoordeling een schriftelijk verslag dat gemotiveerde argumenten aanlevert over het gegeven of de habitats, soorten en de instandhoudingsdoelstellingen van een Speciale Beschermingszone al dan niet kunnen worden aangetast. Er wordt hierbij ingegaan op eventuele directe, indirecte, secundaire of cumulatieve effecten op korte, middellange en lange termijn, permanent en tijdelijk. Op basis van deze passende beoordeling kan een gemotiveerde beslissing worden getroffen over de activiteit, het plan of het programma. Belangrijk hierbij is dat het niet enkel gaat over effecten die met zekerheid zullen optreden, maar ook over de kans dat een betekenisvolle aantasting kan worden veroorzaakt van de natuurlijke kenmerken van een speciale beschermingszone met mogelijke effecten op de habitats en soorten. Volgende onderdelen dienen daarom aan bod te komen binnen de passende beoordeling (stap 1):

• beschrijving van de referentiesituatie en huidige situatie SBZ
• beschrijving plan of project
• identificatie van de elementen/fasen van plan/project met mogelijke betekenisvolle aantasting van de natuurlijke kenmerken van het SBZ
• effectbeschrijving
• beoordeling van de ernst van de impact (al dan niet betekenisvolle aantasting), rekening houdend met milderende maatregelen en randvoorwaarden

Het doorlopen van deze stap 1 maakt standaard deel uit van de passende beoordeling indien die opgemaakt wordt in het kader van een MER of ontheffingsaanvraag.
Indien een plan of project (na toepassing van de in de passende beoordeling beschreven milderende maatregelen) een betekenisvolle aantasting van de natuurlijke kenmerken van een SBZ kan genereren, kan (in overeenkomst met artikel 6, lid 4 van de Habitatrichtlijn) de geplande activiteit door de overheid slechts toegestaan of goedgekeurd worden:

• nadat is gebleken dat er voor de natuurlijke kenmerken van de speciale beschermingszone geen minder schadelijke alternatieve oplossingen zijn (taak van de vergunningverlenende overheid is om de onderzochte alternatieven goed te keuren), én
• omwille van dwingende redenen van groot openbaar belang met inbegrip van redenen van sociale of economische aard. Wanneer de betrokken speciale beschermingszone of een deelgebied ervan, een gebied met een prioritair type natuurlijke habitat of een prioritaire soort is, komen alleen argumenten die verband houden met de menselijke gezondheid, de openbare veiligheid of met voor het milieu wezenlijk gunstige effecten dan wel, na advies van de Europese Commissie, andere dwingende redenen van groot openbaar belang, in aanmerking. De Vlaamse regering oordeelt over het bestaan van dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard.

Deze afwijkingen kunnen bovendien slechts toegestaan worden nadat voldaan is aan de volgende voorwaarden:

• de nodige compenserende maatregelen en de nodige actieve instandhoudingsmaatregelen die waarborgen dat de algehele samenhang van de speciale beschermingszone en -zones bewaard blijft zijn of worden genomen;
• de compenserende maatregelen zijn van die aard dat een evenwaardige habitat of het natuurlijk milieu ervan, van minstens een gelijkaardige oppervlakte in principe actief is ontwikkeld.

Elke afwijking dient met redenen te worden omkleed. De overheid houdt bij haar beslissing over de voorgenomen actie, en in voorkomend geval ook bij de uitwerking ervan, rekening met het goedgekeurde MER, de passende beoordeling of het advies van de administratie bevoegd voor het natuurbehoud. De overheid motiveert elke beslissing over de voorgenomen actie in het bijzonder op volgende punten:

• de keuze voor de voorgenomen actie, een bepaald alternatief of bepaalde deelalternatieven;
• de aanvaardbaarheid van de te verwachten betekenisvolle aantasting van de natuurlijke kenmerken van een speciale beschermingszone;
• de in het milieueffectrapport, in de passende beoordeling of de in het advies van de administratie bevoegd voor het natuurbehoud voorgestelde compenserende maatregelen en actieve instandhoudingsmaatregelen.

Indien een niet te milderen betekenisvol negatief effect op de SBZ te verwachten valt (en de initiatiefnemer toch wil doorgaan met de voorgenomen activiteit) dient voor de passende beoordeling het 'EU-invulformulier' te worden ingevuld. Hierbij worden de volgende stappen uitgewerkt:

• Stap 2: beschrijving van de alternatieve oplossingen (alternatievenonderzoek);
• Stap 3: aanduiden van dwingende redenen van groot openbaar belang;
• Stap 4: vaststellen van compenserende maatregelen.

Het formeel doorlopen van stap 3 tot en met 4 maakt niet standaard deel uit van de passende beoordeling die opgemaakt wordt in het kader van een MER of ontheffingsaanvraag. De stappen worden in praktijk formeel doorlopen na de integrale afweging voor het plan of project en de beslissing van de initiatiefnemer om toch door te gaan met de voorgenomen activiteit.
Op basis van het bovenstaande is het duidelijk dat de vaststelling van mogelijk significante effecten op Natura 2000-waarden in het kader van de passende beoordeling, als onderdeel van het MER, erg belangrijke implicaties kan hebben op de mogelijkheden tot het al dan niet uitvoeren van (onderdelen van) een plan of project en/of op de randvoorwaarden waaraan het plan/project moet voldoen (bv. opname van milderende of compenserende maatregelen).
Meer informatie over de voortoets (onderzoek op hoofdlijnen) en indien nodig de passende beoordeling (grondig onderzoek) staat op de website https://natura2000.vlaanderen.be/voortoets-passende-beoordeling.