Het inschatten van de kostprijs voor de opmaak van een MER, ontheffingsnota of screeningsnota gebeurt doorgaans door een inschatting van het aantal mandagen dat noodzakelijk is om het onderzoek uit te voeren.
Volgende elementen spelen hierbij een belangrijke rol:

Dit alles geeft aan dat het inschatten van de finale kostprijs van een m.e.r. geen sinecure is. Vooral de stap van startdocument naar ontwerp-MER bevat een groot aantal onzekerheden die onder meer te wijten zijn aan de inspraak die plaatsvindt en de mate waarin elementen uit die inspraak mee opgenomen worden in de door het Team Mer geformuleerde richtlijnen. Een en ander heeft uiteraard budgettaire implicaties.

Verder zijn er mogelijk nog een aantal kosten verbonden aan de opmaak van het MER:

Opdrachtgevers kunnen onzekerheden in verband met de kostprijs deels ondervangen door te zorgen voor: