Volgens artikel 4.3.7 van het DABM moet een project-MER "een opgave (bevatten) van de moeilijkheden, technische leemten of ontbrekende kennis die de initiatiefnemer en/of het team van erkende deskundigen eventueel hebben ondervonden bij het verzamelen en verwerken van de vereiste informatie en de gevolgen daarvan voor de wetenschappelijkheid van het rapport."
Met betrekking tot plan-MER's wordt dit in artikel 4.2.8 omschreven als "een omschrijving van de wijze waarop de evaluatie is doorgevoerd, met inbegrip van de moeilijkheden ondervonden bij het inzamelen van de vereiste gegevens, zoals technische tekortkomingen of gebrek aan kennis".
In de praktijk wordt zowel voor plan- als project-MER's meestal voorzien in deze bepalingen door het opnemen van een apart hoofdstuk 'Leemten in de kennis' in het MER. Soms worden de leemten in de kennis ook besproken in de disciplinespecifieke hoofdstukken.
Uit bovenstaande omschrijvingen kan afgeleid worden dat dit hoofdstuk betrekking moet hebben op:

• ontbrekende informatie of gegevens (omdat ze niet bestaan of omdat ze niet konden verkregen worden in het kader van de studie): bv. afmetingen van een nog te bouwen gebouw, aantal voertuigen dat op dit moment een bepaalde weg gebruikt, …;
• ontbrekende kennis: bv. kennis op het vlak van archeologie beperkt tot gekende vindplaatsen, geen informatie in wetenschappelijke literatuur met betrekking tot effect van een bepaalde verstoring op het gedrag van vogels, … (het gaat om algemeen ontbrekende kennis; ontbrekende kennis enkel in hoofde van de opstellers van het MER is geen argument).;
• technische tekortkomingen, bv. er bestaat geen goed model of geen voldoende nauwkeurige meetapparatuur om een bepaald fenomeen in beeld te brengen. Het verschil tussen 'technische leemten' en 'technische tekortkomingen' is minder duidelijk. De Engelse versie van zowel de Europese project-m.e.r. richtlijn als plan-m.e.r. richtlijn spreekt over 'technical deficiencies'.

Het is de verplichting van de MER-deskundige om deze leemten zoveel mogelijk te dichten, door een grondig onderzoek. Als het dichten van deze leemten niet voorzien was in de oorspronkelijke opzet van de studie, maar wel haalbaar en zinvol wordt geacht (zonder disproportionele kosten of inspanningen) en door het Team Mer noodzakelijk geacht, dan zullen tussen de initiatiefnemer en de MER-deskundigen hierover de nodige afspraken moeten gemaakt worden. Dit kan betekenen dat het MER tijdelijk opgeschort wordt en dat het hele proces daardoor langer duurt. De winst zit hem in een betere en vlottere besluitvorming bij de goedkeuring van het MER en in de vervolgfasen van het plan of project.

Bij gelijk welk wetenschappelijk onderzoeksrapport zullen echter altijd leemten in de kennis blijven bestaan. Het wegwerken van mogelijke leemten is overigens ook niet altijd nodig: het voornaamste criterium waar een MER moet aan voldoen is, naast wetenschappelijke correctheid, bruikbaarheid voor de besluitvorming. Belangrijk is dan ook dat niet alleen wordt geduid wat ontbrak in termen van kennis en data, maar ook in welke mate deze lacunes een gevolg hebben voor de wetenschappelijkheid van het rapport en, breder, voor de wijze waarop de conclusies van het rapport ook in afwezigheid van deze gegevens blijven gelden. Als aangenomen kan worden dat de conclusies voldoende robuust zijn in het licht van onvolledige kennis of data, dan kan het MER goedgekeurd worden. Onzekerheid is immers een intrinsiek onderdeel van de wetenschappelijke benadering.
Artikel 5.2 van de Europese plan-m.e.r. richtlijn stelt in dat verband overigens duidelijk: "Het (…) milieurapport bevat de informatie die redelijkerwijs mag worden vereist, gelet op de stand van kennis en beoordelingsmethoden". Met andere woorden, de stand van de kennis en van de beoordelingsmethoden zal nooit perfect zijn, en de beoordeling van een MER moet met deze realiteit rekening houden.

Als verondersteld kan worden dat de leemten in de kennis als gevolg kunnen hebben dat men tot andere besluiten zou komen dan in het geval deze leemten er niet waren (i.e. als de conclusies niet robuust zouden zijn), dan kan de bruikbaarheid van het rapport voor de besluitvorming in twijfel getrokken worden. Er kan dan eventueel voorzien worden in een monitoringprogramma (voor en/of na uitvoering van het plan of project) om deze leemten te lichten, waarbij ook de consequenties voor de verdere besluitvorming duidelijk moeten zijn (zie ook deel 'Monitoring'). Dit heeft enkel zin als de onzekerheden niet te groot zijn en als er überhaupt geschikte milderende maatregelen bestaan. Soms kan dit ook betekenen dat het MER moet aangepast worden door verder onderzoek te voeren, vooraleer het kan goedgekeurd worden.
Zoals hoger en in het deel 'Omgaan met onzekerheden' aangegeven is een zekere mate van onzekerheid onvermijdelijk en inherent aan de wetenschappelijke methode. Het is pas als deze onzekerheid leidt tot onbetrouwbaarheid van de uitspraken dat er een probleem ontstaat met betrekking tot de bruikbaarheid van het MER. Of leemten in de kennis enkel leiden tot onzekerheid of ook tot onbetrouwbaarheid is een evaluatie die in de eerste plaats door de MER-deskundigen zelf moet gemaakt worden. De uitspraak van de MER-deskundige in dat verband moet sturend zijn voor de besluitvorming.

Uiteraard zullen bij plan-MER's de leemten in de kennis (en daarmee de onzekerheden) doorgaans groter zijn dan bij project-MER's. Dit heeft niet zozeer te maken met de aard van het onderzoek of van de beschikbare basisgegevens, maar met het gegeven dat in de definitie van het voorwerp van een plan-MER doorgaans meer vrijheidsgraden bestaan: met betrekking tot de precieze omschrijving van het plan (in termen van omvang, capaciteit, uitvoeringswijze, …), met betrekking tot de precieze ruimtelijke afbakening, met betrekking tot de uitvoeringstermijn, … Het werken met realistische aannames kan dit deels ondervangen. Het deels open laten van deze vrijheidsgraden zal zich vertalen in minder precieze uitspraken in vergelijking met een MER op projectniveau.
Dit hoeft een correcte besluitvorming (op het beslissingsniveau dat eigen is aan een plan-MER) echter niet in de weg te staan. De ontbrekende kennis en informatie zal immers aangevuld worden bij de evolutie van plan naar project(en), wat een meer gedetailleerde effectbepaling (met minder onzekerheden) zal toelaten op het niveau van de project-MER(s).
Zoals elders aangegeven (zie deel 'Milieueffectrapportage en (getrapte) besluitvorming') wordt een dergelijke 'getrapte aanpak' onderbouwd door artikel 4.3 van de Europese plan-m.e.r. richtlijn (2001/42/EG), dat stelt: "(…) Voor plannen en programma's die deel uitmaken van een hiërarchie van plannen en programma's houden de lidstaten, om overlapping van beoordelingen te voorkomen, rekening met het feit dat de beoordeling, overeenkomstig deze richtlijn, op verschillende niveaus van de hiërarchie wordt uitgevoerd".
Het eerder aangehaalde artikel 5.2 uit diezelfde Europese plan-m.e.r. richtlijn stelt in dat verband ook duidelijk: "Het (…)milieurapport bevat de informatie die redelijkerwijs mag worden vereist, gelet op (…) de inhoud en het detailleringsniveau van het plan of programma, de fase van het besluitvormingsproces waarin het zich bevindt en de mate waarin bepaalde aspecten beter op andere niveaus van dat proces kunnen worden beoordeeld".

Het spreekt voor zich dat bij ontheffingsnota's en zeker bij screeningsnota's er veel minder ruimte is voor leemten in de kennis. Premisse bij deze instrumenten is immers dat de milieueffecten beperkt of beheersbaar zijn (of, bij bepaalde ontheffingsnota's, dat ze reeds eerder afdoende werden onderzocht); het bestaan van leemten in de kennis kan twijfel doen ontstaan over de gegrondheid van deze premisse, en zou het dus toch nodig maken een MER te laten opmaken voor deze plannen of projecten.