Een grondige gegevensverzameling (afgestemd op de diepgang en het detailniveau van het milieueffectenonderzoek) ligt aan de basis van een goed(e) MER, ontheffingsnota of screeningsnota. Bij aanvang van de m.e.r.-procedure worden verschillende soorten gegevens verzameld, onder meer:

• gegevens met betrekking tot het plan of project dat het voorwerp uitmaakt van het MER, de ontheffingsaanvraag of de screening;
• gegevens met betrekking tot de omgeving, en meer specifiek, de impactreceptoren;
• informatie met betrekking tot het vigerend beleid en de geldende regelgeving (en bijhorende normen en (richt-)waarden);
• factoren en parameterwaarden die onderdeel vormen van de ingezette rekenmodellen;
• gegevens met betrekking tot de te verwachten beleidsgestuurde en autonome ontwikkelingen die een invloed kunnen hebben op de effecten van het plan of project.

Niet in alle m.e.r.-instrumenten komen deze aspecten in gelijke mate aan bod. Met name bij screeningsnota's zal de nadruk liggen op de eerste twee punten.

In de verschillende discipline- en activiteitengroep-specifieke richtlijnenboeken wordt telkens in detail ingegaan op de relevante gegevensbronnen.

Gegevensverzameling moet grondig gebeuren, maar mag anderzijds geen doel op zich worden: een MER, ontheffingsnota of screeningsnota moet slechts die gegevens bevatten die nodig zijn om tot een goede effectinschatting en -beoordeling, met relevantie voor de besluitvorming, te komen.

De aanpak van de gegevensverzameling gebeurt best gecoördineerd. Sommige gegevens zullen immers bruikbaar zijn voor meerdere disciplines, en het is dus niet efficiënt dat de verschillende deskundigen ze apart verzamelen. Eén van de voornaamste taken van de MER-coördinator is dan ook het organiseren van gegevensoverdracht tussen enerzijds de initiatiefnemer en het team van MER-deskundigen en anderzijds tussen de verschillende MER-deskundigen onderling. Bij aanvang van het m.e.r.-proces stellen de verschillende MER-deskundigen een lijst op met de gegevens die nodig zijn voor het uitvoeren van hun specifieke discipline.

De initiatiefnemer is verantwoordelijk voor het ter beschikking stellen van informatie over het plan of project. Van bij de start van de opmaak van een milieueffectrapportage - van welke vorm dan ook: plan- of project-MER, ontheffingsaanvraag of screening - moet het duidelijk zijn welke van de gevraagde gegevens de initiatiefnemer kan aanleveren. Indien de initiatiefnemer bepaalde essentiële gegevens niet heeft of niet kan leveren onder de gewenste vorm, kan met de MER-deskundigen bijkomend onderzoek afgesproken worden. Dit bijkomend onderzoek kan ook opgelegd worde, bv. in de richtlijnen. Dit bijkomend onderzoek kan in principe zowel door de initiatiefnemer zelf gebeuren als door de MER-deskundigen of door een gespecialiseerde derde partij (bv. een onderzoeksinstelling). De keuze hangt onder meer af van de beschikbaarheid van middelen, de snelheid van uitvoering en het beoogde detailniveau van het resultaat.

Als bepaalde gegevens, van welke aard dan ook en om welk reden ook, niet kunnen aangeleverd/gevonden worden, dan dient in eerste instantie gekeken te worden of andere ter beschikking staande gegevens als proxy kunnen gebruikt worden, of dat het verantwoord is om bepaalde aannames te maken. Dit kan enkel als kan aangenomen worden dat de betrouwbaarheid van de effectbepaling, en dus de relevantie ervan voor de besluitvorming, hierdoor niet in het gedrang komt. In het MER moet in het hoofdstuk 'leemten in de kennis' duidelijk aangegeven worden wat de consequenties zijn van het niet ter beschikking zijn van bepaalde basisgegevens in de optimaal wenselijke vorm.

Tijdens de opmaak van het MER is er tussen de verschillende disciplines onderling een uitwisseling van gegevens noodzakelijk. Als in de discipline fauna en flora bv. informatie nodig is over de waterstand om te bepalen of een bepaald effect aanzienlijk is, dan moet de discipline water informatie met betrekking tot deze parameter kunnen aanleveren. Als gevolg van deze nood aan gegevensuitwisseling zal de deelstudie van bepaalde disciplines pas voltooid kunnen worden nadat deze van andere disciplines voltooid is. De informatievraag van de disciplines naar andere disciplines moet aan de MER-coördinator kenbaar gemaakt worden bij aanvang van het m.e.r.-proces. Deze behoeften moeten duidelijk omschreven worden: aard van de gegevens, maar ook zaken als eenheden, resolutie, frequentie, … Dit moet vermijden dat halverwege het MER-traject plots vastgesteld wordt dat de outputgegevens van een bepaalde discipline (bv. mobiliteit) niet bruikbaar zijn voor een andere discipline (bv. lucht). De concrete gegevensoverdracht tussen de verschillende disciplines wordt besproken in de disciplinespecifieke richtlijnenboeken.

Ook gegevens- en informatie-uitwisseling met andere parallelle studies (waaronder MER's voor andere plannen en projecten) is een aandachtspunt voor de MER-coördinator.

De potentiële omvang van de informatiestromen binnen een m.e.r.-proces is groot. Meestal staan tal van voorbereidende documenten en ondersteunende studies van bij het begin van de studie ter beschikking van de deskundigen. Tijdens het verloop van de studie wordt bijkomend veel informatie gegenereerd binnen de verschillende deelstudies (disciplines); die informatie zal in veel gevallen als input voor andere deelstudies moeten dienen. Het is belangrijk dat al deze informatie tijdig en in het juiste format bij de juiste personen terechtkomt. Tezelfdertijd wil niemand overstelpt worden met onnodige of redundante informatie. Om dit te garanderen kan het, zeker voor grote en complexe projecten, nuttig zijn te werken met een centraal aanspreekpunt (een soort van datamanager), die instaat voor het opvragen, centraliseren, inventariseren, up-to-date houden en ter beschikking stellen van alle voor de studie relevante informatie. Dit zorgt ervoor dat iedereen toegang heeft tot alle informatie, maar ook dat geen tijd verloren wordt met het dubbel opvragen van dezelfde informatie, en dat de 'informatieleveranciers' niet onnodig belast worden met informatieaanvragen.