Wanneer een project onder één van de rubrieken van bijlage III van het project-m.e.r.-besluit van 10 december 2004 valt, kan de initiatiefnemer een project-MER opmaken, maar - en dat zal in de meeste gevallen gebeuren - hij kan er ook voor opteren om de project-m.e.r.-screeningsprocedure te doorlopen. Deze screening houdt in dat voor de bijlage III projecten de bevoegde administratie geval per geval zal beslissen of er al dan niet aanzienlijke milieueffecten worden verwacht. De bevoegde administratie hierbij is de overheid die beslist over de ontvankelijkheid en volledigheid van de vergunningsaanvraag. Bij deze beoordeling zal niet alleen rekening worden gehouden met de omvang van het project, maar ook met de andere relevante criteria, onder meer de aard en de ligging van het project, de kenmerken van de effecten, de cumulatie met andere projecten en het gebruik van natuurlijke hulpbronnen.

In artikel 4.3.3.§2 van DABM staat vermeld dat in de gevallen waarvoor een project-m.e.r.-screeningsnota werd opgesteld, de overheid die beslist over de ontvankelijkheid en volledigheid van de vergunningsaanvraag, een beslissing neemt of er een project-MER moet worden opgesteld. Zij doet dat op het ogenblik van en als onderdeel van de beslissing over de ontvankelijkheid en volledigheid van de vergunningsaanvraag. De beslissing dat al dan niet een project-MER moet worden opgesteld, wordt openbaar gemaakt door de vergunningverlenende overheid. Er moet geen milieueffectrapport over het project worden opgesteld als de overheid, vermeld in het eerste lid, oordeelt dat:

• een toetsing aan de criteria van bijlage II van het DABM uitwijst dat het voorgenomen project geen aanzienlijke gevolgen kan hebben voor het milieu en een project-MER kan redelijkerwijze geen nieuwe of bijkomende gegevens over aanzienlijke milieueffecten bevatten; of
  
  
• vroeger al een plan-MER werd goedgekeurd betreffende een plan of programma waarin een project met vergelijkbare effecten beoordeeld werd of een project-MER betreffende een project waarvan het voorgenomen initiatief een herhaling, voortzetting of alternatief is, en een nieuw project-MER kan redelijkerwijze geen nieuwe of bijkomende gegevens over aanzienlijke milieueffecten bevatten.

De project-m.e.r.-screening is geïntegreerd in het omgevingsvergunningsaanvraagformulier. Een project-m.e.r.-screeningsformulier of een vormvrije screening is niet meer mogelijk. 

Het Team Mer publiceerde op haar website een 'Algemene handleiding project-m.e.r.-screening'. Deze algemene handleiding is een leidraad voor de initiatiefnemer die een project-m.e.r.-screening moet uitvoeren en voor de instantie die deze moet beoordelen en een beslissing moet nemen over de project-MER-plicht. De handleiding bevat een groot aantal FAQ's. De handleiding bevat ook een praktische wegwijzer bij het invullen van de aanvraag en bij het beoordelen en beslissing van de aanvraag.