Een erkenning als MER-deskundige kan aangevraagd worden bij het Team Erkenningen (onderdeel van het departement Omgeving, Afdeling Gebiedsontwikkeling, Omgevingsplanning en Projecten, Directie Omgevingsprojecten) en wordt verleend op basis van specifieke erkenningsvoorwaarden (opleidings- en ervaringsvereisten). Het Team Erkenningen raadpleegt een aantal overheidsinstanties – waaronder het Team Mer – om een advies over de erkenningsaanvraag uit te brengen. Op basis van deze adviezen en eventueel bijkomende informatie en een hoorzitting wordt de erkenning al dan niet verleend.
De procedure voor het aanvragen van de erkenning verloopt volgens het besluit van de Vlaamse regering van 19 november 2010 tot vaststelling van het Vlaams reglement inzake erkenningen met betrekking tot het leefmilieu (VLAREL). De erkenning wordt toegekend voor een onbeperkte tijd maar de deskundigen moeten wel aan de gebruikseisen voldoen, zoals een jaarlijkse bijscholing. Het Team Erkenningen is tevens ook bevoegd voor de handhaving op het vlak van erkenningen en het uitvoeren van een periodieke evaluatie. Op de website van het Team Erkenningen kunnen de formulieren voor het aanvragen van een erkenning gevonden worden en zijn ook de overzichten te vinden van de erkende MER-deskundigen per discipline en deeldomein.
Deze deskundigen moeten beschikken over een diploma van master of bachelor en minstens 3 (voor master) of 5 (voor bachelor) jaar ervaring hebben. Door periodieke evaluaties wordt nagegaan of deze deskundigen inderdaad de vereiste kwaliteit bieden.
Belangrijke gebruikseisen voor een erkenning als MER-deskundige zoals vastgelegd in VLAREL zijn onder meer de volgende:
Zie VLAREL voor de volledige lijst van algemene erkenningsvoorwaarden (artikel 8), bijzondere erkenningsvoorwaarden (artikel 12) en algemene (artikel 34) en bijzondere (artikel 38) gebruikseisen.
Bovendien moeten de erkende deskundigen zich houden aan een Code van Goede Praktijk (beschikbaar op de website van het Team Mer) waarvan de toepassing een bijkomende kwaliteitsgarantie moet bieden.
De erkenning van de MER-coördinator werd reeds in 2002 juridisch verankerd in artikel 10 §3 van het project-m.e.r.-decreet. Oorspronkelijk voorzag dit artikel dat er binnen de 18 maanden na inwerkingtreding een erkenningssysteem moest beschikbaar zijn. Deze bepaling werd in 2005 via een verzameldecreet (Artikel 2 van het decreet van 22 april 2005 houdende diverse bepalingen inzake leefmilieu en landbouw) gewijzigd als volgt: "…De Vlaamse regering bepaalt de datum vanaf wanneer een MER-coördinator over een erkenning als MER-coördinator moet beschikken voor het leiden van een team van erkende MER-deskundigen. Tot die datum kan hij op voorstel van de initiatiefnemer door de administratie worden gekozen uit het team van erkende MER-deskundigen dat het rapport opstelt…" Via de Vlaremtrein 2017 werd uiteindelijk het erkenningssysteem voor MER-coördinatoren uitgewerkt.
Vanaf 1 januari 2020 moet een MER-coördinator erkend zijn om een team van erkende MER-deskundigen te leiden tijdens de opmaak van een milieueffectrapport (tot eind 2019 toetste het Team Mer - zowel voor plan-MER's als project-MER's - af of de MER-coördinator over een erkenning als MER-deskundige beschikte).