Een inschatting maken van de milieueffecten vóórdat een plan of project gerealiseerd is, gaat altijd gepaard met een zekere mate van onzekerheid. Hoe groot die onzekerheid precies is, is niet eenvoudig te kwantificeren. Bij luchtkwaliteitsmodellering is er namelijk zowel onzekerheid op de gebruikte invoerparameters als onzekerheid gekoppeld aan het gebruikte model. De onzekerheid van het luchtkwaliteitsmodel werkt in twee richtingen, het kan dus zowel om een over- als onderschatting van de resultaten gaan. Dit betekent echter niet dat modellering weinig zinvol is en dat geen rekening moet gehouden worden met de bekomen resultaten. In Vlaanderen wordt een set van luchtkwaliteitsmodellen aangeboden voor gebruik in milieueffectrapportage, waardoor elke initiatiefnemer van een plan of project op dezelfde manier behandeld wordt. De koppeling met een onderzoek naar milderende maatregelen gebeurt dan ook op basis van de bekomen modelresultaten. Het is aan de MER-deskundige om de gebruikte aannames en parameters zo goed mogelijk in te schatten en te onderbouwen. Wanneer deze gegevens afkomstig zijn van een andere discipline of doorgegeven worden aan een andere discipline, gebeurt dit in overleg met de MER-deskundige van de gerelateerde discipline.

In de discipline lucht kan volgende aanpak gehanteerd worden om de onzekerheid op de resultaten beter in kaart te brengen. Er kan een gevoeligheidsanalyse op de invoerparameters gebeuren. Hiervoor maakt de MER-deskundige een onderbouwde inschatting van een mogelijke range van één of meerdere invoerparameters. Vervolgens wordt nagegaan in welke mate deze gewijzigde invoerparameter een invloed heeft op de modelresultaten en de koppeling met het onderzoek naar milderende maatregelen. Naast een gevoeligheidsanalyse kan ook een monitoringprogramma uitgewerkt worden, waarbij de nodige aandacht besteed wordt aan de onzekerheid van de modelresultaten.