De watertoets is een instrument waarmee de overheid die beslist over een vergunning, een plan of een programma inschat wat de impact ervan is op het watersysteem. Het resultaat van de watertoets wordt als een waterparagraaf opgenomen in de vergunning of in de goedkeuring van het plan of het programma (zie www.watertoets.be voor meer achtergrondinformatie en de webtoepassing).
Op 18 juli 2003 werd het decreet Integraal Waterbeleid (DIWB) bekrachtigd door de Vlaamse regering. Dit decreet geeft uitvoering aan de Europese kaderrichtlijn Water en moet leiden tot een duurzaam waterbeleid in Vlaanderen. Het decreet voorziet dat er, in de strijd tegen wateroverlast en overstromingen, meer ruimte voor water wordt gecreëerd. Ook een betere waterkwaliteit en een vrijwaring van de watervoorraden worden beoogd. Deze uitgangspunten zijn echter niet altijd verzoenbaar met het huidig en gewenst grondgebruik door woningbouw, industrie, landbouw of (water)wegeninfrastructuur.
In artikel 8 van het DIWB is daarom de invoering van de watertoets voorzien. De overheid die over een vergunning, een plan of programma moet beslissen, draagt er zorg voor, door het weigeren van de vergunning of door goedkeuring te weigeren aan het plan of programma dan wel door het opleggen van gepaste voorwaarden in de vergunning of aanpassingen aan het plan of programma, dat geen schadelijk effect op het watersysteem ontstaat of dit zoveel mogelijk wordt beperkt en, indien dit niet mogelijk is, dat het schadelijk effect wordt hersteld of, in de gevallen van de vermindering van de infiltratie van hemelwater of de vermindering van ruimte voor het watersysteem, gecompenseerd. Het uitvoeringsbesluit van de watertoets van 20 juli 2006 bevat nadere regels over de toepassing van de watertoets, zowel voor vergunningen als voor plannen.
In par. 4 van artikel 8 van het DIWB is een koppelingsbepaling opgenomen, die de integratie van de watertoets in de milieueffectrapportage beschrijft. Deze koppelingsbepaling bepaalt dat voor de vergunningsplichtige activiteit, plan of programma die onderworpen zijn aan een milieueffectrapportage, de analyse en evaluatie van het al dan niet optreden van een schadelijk effect en de op te leggen voorwaarden om dat effect te vermijden, te beperken, te herstellen of te compenseren, in de milieueffectrapportage moet gebeuren. Het MER, de ontheffingsnota of de screeningsnota moeten met andere woorden alle gegevens vermelden die de watertoets mogelijk maken. De watertoets op zich is een beoordeling die gebeurt door de vergunningverlenende of plannende overheid en niet door de MER-deskundige water of het Team Mer of een adviesinstantie in het kader van de m.e.r.-procedure. De milieueffectrapportage moet wel de 'inhoudelijke elementen om de watertoets te kunnen uitvoeren' bevatten.
In het richtlijnenboek Water (beschikbaar op de website van het Team Mer) wordt aangegeven op welke manier, zowel op projectniveau als op planniveau de informatie voor het uitvoeren van de watertoets kan weergegeven worden in het MER, de ontheffingsnota of de screeningsnota.